A vastagbél mikrobioma az allergiás betegségek kialakulásában is szerepet játszhat. Az elmúlt 30 évben megjelent közlemények egyértelműen jelzik: a bélben jelen lévő mikroorganizmusok befolyásolhatják az immunrendszer működését. Lényegében az immunrendszer összes elemének, a fehérvérsejtek egyes alcsoportjainak az arányát, számát, működését meghatározza, hogy érése során milyen anyagokkal találkozik. Ezeknek az anyagoknak a jelentős részét a bél mikrobiomája állítja elő, így a mikrobioma állapota hatással van az immunrendszer állapotára. Mivel a szervezet a külvilágban jelen levő, immunreakciót kiváltó anyagokkal három területen: a bélben, a légutakban és a bőrön találkozik, így nem meglepő, hogy ha ezekkel szemben túlzott válasz (allergia) jelentkezik, akkor az emésztőrendszeri, légzőszervi és/vagy bőrtünetekkel jár. Diszbiózis az az állapot, amikor az immunrendszert szabályozó flórában levő baktériumok száma és aránya kedvezőtlen irányba változik, potenciálisan betegséget okozó mikroorganizmusok szaporodnak el benne. A diszbiózis kialakulásában számos tényező játszhat szerepet. Ezek közül a legfontosabb a gyógyszeres (antibiotikus) kezelés, a pszichológiai és fizikai stressz, valamint az egyoldalú, tápanyaghiányos étkezés.
