Az antibiotikus kezelés súlyos mellékhatása. Oka, hogy a vastagbélben természetesen jelen levő baktériumok elpusztulnak és egy kórokozó, a Clostridium difficile elszaporodik. A Clostridium difficile termelte méreganyag (toxin) hasmenést, lázat, émelygést, és hasfájást okoz. Legyengült betegeknél a bélnyálkahártya elhalása, átlyukadása és akár vérmérgezés is kialakulhat. Évente Magyarországon több száz halálesetet okoz ez a betegség. A Clostridium difficile fertőzés kiújulhat, ha a mikrobioma természetes állapota, egészsége nem áll helyre.
A betegségre a jellemző tünetek alapján gondolnak. A diagnózis felállítása székletvizsgálattal, a székletből toxinkimutatás alapján történik.
A betegséget antibiotikummal, probiotikumokkal, illetve széklettranszplantációval kezelik. A hasmenéssel elvesztett folyadékot infúzióval pótolják.